Transistor narra il viaggio di Red, una cantante misteriosa che si ritrova in possesso di un'arma potente chiamata Transistor. Il gioco è ambientato in una città futuristica chiamata Cloudbank, in cui Red cerca di scoprire la verità dietro il tentativo di omicidio nei suoi confronti, utilizzando le abilità del Transistor per affrontare nemici e risolvere enigmi.