BioShock 2 riprende il finale “buono” del primo capitolo. Ci ritroviamo stavolta nei panni di un Big Daddy, esplorando Rapture in questa nuova veste. Il giioco è infatti è ambientato ancora una volta nella città sottomarina di Rapture, questa volta mettendo i giocatori nei panni di Subject Delta, un protettore Big Daddy, mentre cerca di navigare attraverso i pericoli di Rapture e salvare sua figlia Eleanor Lamb da Sofia Lamb, una nuova e potente minaccia.